Shirou perdeu seu Servo, Saber, e não é mais um Mestre na Guerra do Santo Graal. Apesar disso, ele se recusa a deixar a batalha, determinado a proteger Sakura. Enquanto isso, uma sombra misteriosa envolve a cidade, matando Mestres e Servos um a um. Enquanto Shirou enfrenta novos perigos, Sakura é atraída mais profundamente para seu próprio destino como maga.